De acuerdo con la información consignada en los Libros Rojos de Especies Amenazadas de Colombia, 2,22% de las especies presentes en el país se encuentran en una de las tres categorías de amenaza de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (Peligro Crítico, Amenazada o Vulnerable).
De las 1.853 especies de plantas evaluadas, 665 (36%) se encuentran amenazadas de extinción. La situación de la fauna terrestre colombiana es también preocupante: de 284 especies de animales terrestres, 41 están en Peligro Crítico, 112 Amenazadas y 131 son Vulnerables. De avanzar estas tendencias, Colombia tendría que borrar de la lista de su biodiversidad especies de abejas que cumplen funciones críticas de los ecosistemas, o colibríes, paujiles, loros y monos araña, entre otros.
Por su parte, la mayor cantidad de especies animales dulceacuícolas amenazadas son peces. Las cuencas de los ríos Magdalena, Orinoco y Amazonas presentan signos claros de una declinación alarmante de sus pesquerías. Las capturas en la cuenca del Magdalena disminuyeron casi 90% desde la década de 1970, los desembarcos pesqueros en la cuenca del Orinoco declinaron 85 % entre 1997 y 2009, y en la cuenca del río Putumayo el descenso registrado entre 1992 y 2009 fue cercano a 80%. El bocachico del Magdalena (Prochilodus magdalenae) o el bagre tigre (Pseudoplatystoma fasciatum) prácticamente han desaparecido de las cocinas de los colombianos.